I ribosomerna översätts den genetiska koden för kroppens viktigaste byggstenar, proteinerna. Koden för varje protein är som en detaljerad bruksanvisning som visar vilka aminosyror som ska kopplas samman för att bilda ett visst protein. Kartläggningen av ribosomen struktur visade tydligt hur den genetiska koden avläses men frågan kvarstod hur den katalytiska processen går till då aminosyror länkas ihop till nya proteiner.
Johan Åqvist och doktoranden Stefan Trobro har nu med hjälp av massiva datorberäkningar lyckats simulera proteinsyntesreaktionen och undersökt flera tänkbara kemiska mekanismer.
– Resultaten visar att det bara finns en möjlig typ av mekanism och vi har i detalj kunnat förklara hur denna fungerar och varför reaktionen går så snabbt, säger Johan Åqvist. Kartläggningen gjorde det möjligt att se hur de beståndsdelar som behövs vid proteinsyntesen är tredimensionellt placerade i ribosomen. Det visade sig bland annat att ingen av ribosomens proteindelar deltar direkt i den kemiska reaktion där aminosyror kopplas ihop, reaktionen sker istället med hjälp av ribosomens nukleinsyror (RNA).
– Detta överensstämmer med idén att det en gång funnits en RNA-värld, innan våra nuvarande, sofistikerade enzymer utvecklades. Man tror alltså att ribosomen, som är en uråldrig biologisk “maskin”, fortfarande kan bära spår av denna tid, säger Johan Åqvist, professor vid institutionen för cell- och molekylärbiologi. De nya rönen, som publiceras i det senaste numret av Proceeding of the National Academy of Science, PNAS, är svaret på en av de hetaste, olösta gåtorna om exakt hur proteinsyntesen går till.
Artikel publicerad i Tidskriften Doktorn nr 4 2005
